سیستم مدیریت محیط زیست (EMS) بخشی جدایی‌ناپذیر از یک سیستم مدیریت جامع در یک سازمان است که شامل ساختار سازمانی، فعالیت‌های برنامه‌ریزی، مسئولیت‌های سازمانی، روش‌ها، رویه‌ها، فرآیندها و منابع مورد نیاز برای توسعه، اجرا، بررسی و حفظ سیاست‌های محیط زیست می‌شود. این شامل جنبه‌های مدیریتی نیز می‌شود مانند سیاست محیط زیست سازمان، اهداف و شاخص‌ها. سیستم مدیریت محیط زیست می‌تواند به شرح زیر توصیف شود: این یک فعالیت مدیریتی برنامه‌ریزی شده و هماهنگ یک سازمان است که با رویه‌های عمل استاندارد و مکانیسم‌های کنترل مستند اجرا می‌شود. این از طریق یک ساختار سازمانی با مسئولیت‌ها و تعهدات واضح اجرا می‌شود، با هدف جلوگیری از تأثیرات مخرب بر محیط زیست.